令和2年中に、家を購入した方などは、令和2年分の申告で(特定増改築等)住宅借入金等特別控除の適用を受けたはいいけれど、その翌年から年末調整で税務署から届くはずの控除証明書が届いていないという方、いらっしゃらないでしょうか。

まさに自分がその状態でかなり長いこと悩んでいました。控除証明書がなぜ届かないんだと。。。
でも、実は、前回の確定申告時にご自身で電子交付を希望してしまっていたりします。
そうすると、令和3年分以降、年末調整で住宅借入金等特別控除の適用を受ける場合は、マイナポータルにて住宅借入金等特別控除証明書が電子交付されます。
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年末調整で住宅借入金等特別控除証明書を提出するには
マイナポータルにて住宅借入金等特別控除証明書が電子交付されますが、そのデータをダウンロードすることができます。しかし、ダウンロードしたファイルはxml形式で、なんだかよくわからないデータが格納されています。ファイルを開いてみても証明書とは思えない文字列の羅列が記載されています。
結論から言いますと、このxml形式のままでは書面として提出することはできません。
e-TaxのQRコード付証明書等作成システムを使用する
電子データとして提出することが許されているばあいにはこのままでいいかもしれませんが、書面として提出しなければいけない場合には、マイナポータルから住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書のデータをダウンロード後に、QRコード付証明書等作成システムを利用して印刷する必要があります。

国税庁 「控除証明書等の電子的交付について」より抜粋
QRコード付証明書等作成システムは主に平日しか稼働していない
月曜日~金曜日、毎月の最終土曜日及び翌日の日曜日だけ動いているシステムになりますので、土日に証明書出力したいという時には使うことができないシステムになります。
マイナンバーカードでログインできる
この時点でマイナポータルを使っているはずなので、マイナンバーカードでのログインをする環境は整っている方がほとんどかとおもいます。
ログインした後は、あとは、マイナポータル経由で手に入れたXML形式の証明書をアップロードして印刷をすることで 住宅借入金等特別控除証明書 を印刷することができます。
マイナンバーカードは持っているけれど、カードリーダーはまだお持ちでない方が多いのではないでしょうか。私は下記のカードリーダーを使っています。
住宅借入金等特別控除申告書は毎年必要
電子証明で発行されていない方はどうなっているかというと、一度に複数枚の住宅借入金等特別控除申告書が送られてきますので、それをとっておいて毎年の年末調整の際に提出しなければいけません。
初年度だけ提出すればよいと思いがちな方もいそうなので、念のためお伝えしました。
年末調整で書面で必要かどうかは要確認
令和3年から電子交付されるようになった 住宅借入金等特別控除証明書 だと思いますので、未対応の会社なども多いかと思います。そのため、会社側の案内では書面での提出のみが記載されたマニュアルが提供されているかもしれません。
確定申告書等作成コーナーから確定申告する場合
会社の年末調整等で書面で提出する必要がない場合には、確定申告書等作成コーナーというサイトからご自身ですべて準備する形になります。
最後までお読みいただきありがとうございました!
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